Srbija i Crna Gora ratifikovala je Evropsku konvenciju o ljudskim pravima i osnovnim slobodama u decembru 2003. godine čime su se stekli uslovi da se pojedinačne predstavke odnosno žalbe podnose i protiv Srbije i Crne Gore. Budući da se pojedinačne žalbe mogu podnositi i protiv Srbije i Crne Gore, neophodno je bilo da se ustanovi Zastupnik, odnosno branilac ili državni agent, Imagekoji bi štitio prava i interese Srbije i Crne Gore pred Evropskim sudom za ljudska prava. Regulisanje zastupanja Srbije i Crne Gore i izbor zastupnika izričito su predviđeni i u Studiji izvodljivosti Evropske komisije i u Akcionom planu za realizaciju evropskog partnerstva. U skladu sa navedenim Uredbom o zastupniku Srbije i Crne Gore pred Evropskim sudom za ljudska prava (Sl. list SCG br. 7/2005), ustanovljava i reguliše položaj Zastupnika, a nakon raspada državne zajednice SCG, položaj Zastupnika je usklađen sa novim položajem Republike Srbije (Uredba o izmenama i dopunama Uredbe o zastupniku SCG pred Evropskim sudom za ljudska prava - Sl. glasnik 49/06, prećišćen tekst ).

Kancelarija Zastupnika počela je praktično sa radom u aprilu 2006. godine u okviru tadašnjeg Ministarstva za ljudska i manjinska prava SCG, a zatim nastavila sa radom u okviru Službe za ljudska i manjinska prava Vlade RS. Tek oformljena Kancelarija je uz sve organizacione promene, nastavila da se svakodnevno suočava sa sve većim brojem predmeta i potrebom da se uspostavi bolja koordinacija sa drugim državnim organima, kako bi odgovori države na predstavke Evropskom sudu bili što kvalitetniji.