Србија и Црна Гора ратификовала је Европску конвенцију о људским правима и основним слободама у децембру 2003. године чиме су се стекли услови да се појединачне представке односно жалбе подносе и против Србије и Црне Горе. Будући да се појединачне жалбе могу подносити и против Србије и Црне Горе, неопходно је било да се установи Заступник, односно бранилац или државни агент, Imageкоји би штитио права и интересе Србије и Црне Горе пред Европским судом за људска права. Регулисање заступања Србије и Црне Горе и избор заступника изричито су предвиђени и у Студији изводљивости Европске комисије и у Акционом плану за реализацију европског партнерства. У складу са наведеним Уредбом о заступнику Србије и Црне Горе пред Европским судом за људска права (Сл. лист СЦГ бр. 7/2005), установљава и регулише положај Заступника, а након распада државне заједнице СЦГ, положај Заступника је усклађен са новим положајем Републике Србије (Уредба о изменама и допунама Уредбе о заступнику СЦГ пред Европским судом за људска права - Сл. гласник 49/06, прећишћен текст ).

Канцеларија Заступника почела је практично са радом у априлу 2006. године у оквиру тадашњег Министарства за људска и мањинска права СЦГ, а затим наставила са радом у оквиру Службе за људска и мањинска права Владе РС. Тек оформљена Канцеларија је уз све организационе промене, наставила да се свакодневно суочава са све већим бројем предмета и потребом да се успостави боља координација са другим државним органима, како би одговори државе на представке Европском суду били што квалитетнији.